Le troisième film, Men in Black, est la suite de la célèbre comédie américaine. Avec tout de même Tommy Lee Jones et Will Smith. Le réalisateur a de nouveau été repris par Barry Sonnenfeld, producteur exécutif derrière Steven Spielberg. Le film a commencé dans les cinémas le 23 mai 2012.
Le rôle du héros négatif est cette fois repris par Jemaine Clément, il incarne Boris. C'est le criminel qui s'est échappé de la prison lunaire. Il brûle de haine pour l'agent Kay, qui en juillet 1969 a attrapé le coupable et l'a laissé sans bras. Lorsque Kay découvre soudainement que Boris s'est enfui, il exprime un grand regret de ne pas l'avoir tué lors de son arrestation. Après cela, l'agent disparaît tout simplement et seul son partenaire Jay se souvient qu'il a existé. Le reste du personnel en noir pense que Kay est mort dans une confrontation avec un criminel en 1969.
La seule explication d'un tel renversement de réalité est un changement dans le passé. Jay et l'agent O décident que Boris est impliqué. Ceci est confirmé par un autre événement d'échelle cosmique - l'invasion de la Terre par la race Boris. Dans l'ancienne réalité, c'était impossible, puisque Kay a installé un dispositif de protection sur la planète appelé "ArkNet". Maintenant, en relation avec la mort de l'agent, il y a plusieurs décennies, la Terre n'avait aucune barrière contre les ennemis de l'espace.
Jay découvre que Boris a été envoyé dans le passé par Jeffrey Price, un revendeur d'électronique qui avait un time shifter illégal dans son arsenal. L'agent n'a d'autre choix que de voyager dans le temps pour sauver son partenaire. Et il est aussitôt arrêté par le jeune Kay. Lors de l'interrogatoire, Jay lui dit tout, et le futur partenaire y croit. Ensemble, ils trouvent l'Arkanian Griffin, qui possède l'ArkNet. Maintenant, les trois continuent leur voyage et partent installer une protection sur la lune. Mais sur une fusée ils sont arrêtés par le colonel. Maintenant, il devient le gardien du secret de Jay.
A partir de ce moment, les événements se développent rapidement. Les héros rencontrent deux Boris et un combat s'ensuit. Un criminel du futur est jeté dans le puits de la fusée et le jeune Boris est envoyé après lui. La protection de la Terre a été établie. Et maintenant, il semblerait que la mission de Jay soit terminée, mais un jeune criminel qui survit miraculeusement apparaît. Le colonel meurt, mais Boris est également détruit. Et maintenant, un nouveau personnage apparaît dans le film. Un garçon sort de la voiture du colonel et part à la recherche de son père. L'agent se reconnaît. Jay retourne à son époque et rencontre Kay au café. Tout est revenu.
