En janvier 2006, la Force internationale d'assistance à la sécurité (FIAS) a été déployée en Afghanistan pour aider les militaires américains et britanniques dans la lutte contre les talibans paramilitaires islamistes. Le gouvernement américain a accusé les talibans d'héberger le chef d'al-Qaïda, Oussama ben Laden, et a demandé son extradition. La direction des talibans a refusé de se conformer à cette demande, affirmant que les États-Unis n'avaient pas fourni de preuves de la culpabilité d'Oussama dans les attentats du 11 septembre 2001.
Fin 2001, la structure militaire des talibans était pratiquement détruite et la résistance de ses partisans prit la forme d'un mouvement de guérilla. Les pays occidentaux ont massivement investi dans le développement de la démocratie et de la structure sociale de l'Afghanistan. En 2004, la première élection présidentielle du pays a été remportée par Hamid Karzaï, un homme politique assez fidèle à l'Occident. Cependant, la résistance des partisans des talibans n'a pas été réprimée. Les guérilleros ont combattu avec acharnement malgré la supériorité militaire écrasante de l'ISAF.
La France, comme les autres membres de l'alliance, a subi des pertes en matériel et en main-d'œuvre. Au cours des 10 années de guerre en Afghanistan, 83 soldats ont été tués et plusieurs fois plus blessés. La décision d'impliquer la France dans l'opération militaire n'a pas été très populaire parmi la population, et les rapports de pertes parmi les soldats français ont augmenté le mécontentement envers le gouvernement.
Le 20 janvier 2012, dans la province de Kapisa, un homme en uniforme de l'armée afghane a tiré sur 4 et blessé 16 soldats français. Après cela, Nicolas Sarkozy (président français de 2007 à 2012) a déclaré que le gouvernement afghan ne pouvant garantir la sécurité des troupes françaises, la France suspend sa présence militaire dans ce pays. Sarkozy a promis de retirer ses troupes d'Afghanistan début 2014.
En 2012, François Hollande a été élu président de la France, qui a annoncé un nouveau plan de retrait d'Afghanistan. 2 000 militaires seront retirés d'ici fin 2012, 1 400 restent comme instructeurs et gardiens des équipements sociaux. Le président a expliqué sa décision par le fait que le danger des terroristes a diminué, la démocratie s'est renforcée et le pays doit se développer de manière indépendante. Le chef de la république a promis que la France continuerait à soutenir l'Afghanistan, mais sous une forme différente.
